各种乙肝的所谓转阴治疗是目前乙肝治疗中最复杂、疗效最不明显、最易导致治疗紊乱的一个环节。科学地说，最有可能转阴的肝炎病毒指标是e抗原（HBeAg,"大三阳"中的第二项）和乙肝病毒脱氧核糖核酸（HBV-DNA，表示病毒复制程度的指标）。HBsAg（"大三阳"中的第一项）的转阴可能性不大，HBcAb（"大三阳"中的第三项）几乎不可能转阴，即便是转阴了，仍需观察转阴是一过性的还是永久性的（一过性的往往是暂时的，一停药又转阳），是属血清转阴还是变异转阴，若属变异转阴则更不好。因为乙肝病毒在患者体内受到免疫及药物的作用时，其基因在编码时易出现误差而产生病毒变异，变异的结果是病毒增殖失去免疫控制，这是造成远期严重的重要原因之一。因此，目前乙肝的治疗不应一味追求转阴，治疗的目标应重点放在防止病情继续发展（如慢性化、纤维化、癌变）上。