这是对爱滋病人最具生命威胁的一种并发症，其中又以肺囊虫肺炎最为严重。在欧美国家一半以上的爱滋病人曾得到这种感染，刚开始病人会有呼吸困难、咳嗽、发烧、缺氧等症状，而且病情进展很快，如果不加以治疗，很容易因为呼吸衰竭而死亡。这种肺炎早期治疗或预防的疗效不错，但是很容易再发，难以根治。一般而言，得到肺囊虫肺炎时，病人的免疫机能已经完全崩溃了，很难再活过两年以上。

　　虽然肺囊虫肺炎在美国的爱滋病人身上相当常见，台湾也不少，但全世界为数最多的爱滋病伺机性感染则是肺结核病。由于抗药性肺结核菌与爱滋病人日益增多，肺结核病在可预见的未来将会再次严重威胁人类社会的健康。

　　其他的伺机性感染相当的多，如：口腔白色念珠菌的感染；弓形虫感染侵犯到脑部引起的脑部症状，像是严重的头痛、痉攀、昏睡等；带状疹、单纯疹引起的皮肤病变；隐孢子虫感染引起严重的下痢；以及巨细胞病毒感染引起的视网膜病变，造成失明等等，不胜枚举。