主要任务是实施日本农药管理法,依法进行农药登记和农药质量监督。经常工作是审查、检验申请登记农药样本的有效成分含量、理化性质及其药效与药害;对鱼和水生生物的毒性;对农作物和土壤的残留量;对有益生物如蜜蜂、家蚕的影响;对人和动物的毒性以及有效成分以外的杂质和制剂中辅助剂对人和环境的影响等。从成立到1988年止,登记农药约17000件,其中仍有效的件数为6100件。从1967年起每年出版一本农药检定所报告(Bulletin of The Agri-cultural Chemicals Inspection Station),刊登一年工作总结及研究报告。