格孢腔菌目是勒特雷尔(Everett stanley)在1955年建立的,当时归入腔菌亚纲,1965年归属腔菌纲。它原是格孢腔菌科,早期曾先后归属于球壳目、假球壳目和座囊菌目。霍克斯沃恩(David L. Hawksworth)等人1983年的《真菌词典》又将格孢腔菌目降为格孢腔菌科,重新归属于座囊菌目。这里采用勒特雷尔(1973)的分类系统,1955年此目下分5个科,1973年增加至8个科,较重要的科为黑星菌科(Venturiaceae)、格孢腔菌科(Pleosporaceae)和葡萄座腔菌科(Botryospha ......